Nama "Batavia" berasal daripada perkataan Batavieren, nama untuk salah satu suku kaum yang tinggal di Belanda serta juga di tepi Sungai Rhine, Jerman yang kini dihuni oleh orang Belanda.

"Batavia" juga merupakan nama sebuah kapal layar tiang tinggi yang amat besar yang dibuat oleh Syarikat Hindia Timur Belanda pada 29 Oktober 1628, dan dinakhodai oleh Kapten Adriaan Jakobsz. Tidaklah jelas adakah nama kota Batavia diambil daripada nama kapal ini atau sebaliknya. Kapal tersebut akhirnya terkandas di pesisir Pulau Beacon, Australia Barat dan kesemua 268 orang anak kapalnya belayar dengan bot penyelamat menuju ke kota Batavia ini.